В то время как в России Иван Грозный вел политическую войну со своими подданными, уничтожая мнимых политических изменников с помощью опричнины, в Европе шли религиозные войны европейских монархов с собственным народом посредством инквизиции.
Начало деятельности инквизиции как особого церковного суда Католической Церкви было положено в XIII веке папой Иннокентием. Свое название инквизиция получила от латинского термина, обозначавшего «розыск» или «расследование». В обязанность инквизиторов входило расследование преступлений против католической веры и суд над теми, кто эти преступления совершал. Инквизиция действовала почти во всех католических странах. Однако, чтобы еще более расширить ее полномочия, в середине XVI века папа Павел III учредил особую, папскую инквизицию, которая стала называться также «священной канцелярией». Она получила от папы право действовать во всем христианском мире. Эта папская инквизиция просуществовала до XX века и была реорганизована только в 1965 году.
Учреждение инквизиции пытались оправдать призывом Христа: «Любите врагов ваших». Инквизиторы объясняли весь ужас пыток и смерть на костре проявлением любви к врагам Церкви. Будто бы через физические страдания и смерть еретика они заботятся о спасении его души. Их лозунгом были слова: «Лучше разрушить тело, чем дать погибнуть душе». Однако те методы, которыми инквизиторы пытались спасти души еретиков не поддаются описанию. По высказыванию историков инквизиции: «Перо опускается не в силах вынести тех зверств и ужасов, которые творились “священной канцелярией».
Служителям инквизиции было строго предписано не руководствоваться состраданием. «Выбранная жертва связывалась такими путами, — пишет один из современников инквизиции, — вырваться из которых было невозможно. Всякая попытка освободиться от них еще туже затягивала узлы». Обвиненному нельзя было знать имени обвинителя. Причем инквизиторы принимали свидетельства не только от преступников, но даже и от малолетних детей. Формально подозреваемому разрешалось иметь адвоката, но никто не желал его защищать, так как в результате и сам защитник мог оказаться под подозрением. Инквизиция могла обвинить свою жертву в чем угодно. Согласно правилам расследования, само наличие обвинения служило доказательством его обоснованности.
От суда инквизиции не спасали ни социальное положение, ни пол, ни возраст, ни даже смерть. Осуждение распространялось на родственников и потомков в трех поколениях. Крестьянин, защищавший свою собственность от грабительства слуг «священной канцелярии», девушка, не соглашавшаяся на порочную связь с ними, ученый, изучавший непонятные для инквизиторов законы — все они могли быть обвинены в сношениях с дьяволом. Их пытали, а затем сжигали заживо. Один францисканский монах публично заявил, что «инквизиция при существующей системе могла обвинить в ереси самих апостолов Петра и Павла, и они были бы не в состоянии защитить себя». За такую смелость монаха подвергли пыткам, а затем сожгли.
С особым недоверием инквизиция относилась к людям науки, считая их опасным рассадником еретических воззрений. Были взяты на подозрение все, кто занимался научными изысканиями. Под давлением «священной канцелярии» были распущены академии наук в Модене и Неаполе. Испанский философ Вивес в начале XVI века писал: «Мы живем в столь тяжелые времена, когда опасно и говорить, и молчать, так как и в том, и в другом случае вам могут приписать великое множество проступков». Ему вторит один итальянский богослов того времени: «Сегодня становится все труднее быть христианином и умереть в своей собственной постели».
В 1555 году вновь избранным папой становится верховный инквизитор, принявший имя Павла IV. Несмотря на преклонный возраст (а ему в момент избрания было 79 лет), Павел IV продолжал с прежним рвением преследовать еретиков. Хронисты отмечают, что он не пропустил ни одного еженедельного заседания инквизиционного трибунала. Ему всюду, даже в своем ближайшем окружении, мерещились еретики, которых он старательно уничтожал. Находясь на смертном одре, папа завещал оказывать максимальную поддержку «священной канцелярии». Павел IV управлял Римской Церковью всего лишь четыре года, но за это время он сумел настроить против себя всю Италию. Сразу после его смерти римляне напали на Капитолий и разрушили статую Павла, установленную в его честь еще при жизни понтифика. Голову же статуи вываляли в нечистотах и бросили в Тибр.
Самой же кровавой в истории инквизиции считается испанская инквизиция. Она «свирепствовала» под непосредственным руководством испанских монархов. Даже в 1826 году там еще пылали костры «священной канцелярии», но это уже был закат непобедимой организации.
Едва ли человеческий ум когда-либо придумает нечто более жестокое и мучительное, чем то, что применяли для «спасения» душ еретиков инквизиционные трибуналы. Сотни тысяч сгоревших на костре, миллионы томившихся в тюрьмах, искалеченных, отверженных, лишенных имущества и доброго имени — таков общий итог деятельности инквизиции. Среди ее жертв — участники еретических движений и противники папства, руководители восстаний, философы и естествоиспытатели, гуманисты и просветители. Имена многих людей благодаря инквизиции стали символом верности патриотическому долгу и научным убеждениям. К числу наиболее известных жертв «священной канцелярии» принадлежат Николай Коперник, Галилео Галилей, Иероним Савонарола, Жанна д’Арк и Джордано Бруно.
Весь ужас инквизиции с ее бесчисленными жертвами стал для западного христианства историей церковного террора и преступлений против человечности.