Орден иезуитов стал главной силой Римской Церкви в борьбе с протестантами. Благодаря суровой дисциплине «воины Христовы» сумели в короткие сроки не только остановить реформацию, но даже значительно уменьшить ее влияние на европейские державы. Протестанты, притесняемые воинствующим орденом, бежали на пока еще свободные от его влияния территории. В середине XVI века они охотно селились в Польско-Литовском государстве, в котором король Сигизмунд II предоставил всем вероисповеданиям полную свободу. Влияние реформации здесь настолько возросло, что многие приходы Римской Церкви во главе с духовенством переходили в протестантство. Пустели монастыри: монахи женились и возвращались в мир. Известен случай перехода к протестантам даже одного польского католического епископа. Рим забил тревогу. В Польшу и Литву были срочно командированы «солдаты папы». Они сумели с помощью «иезуитских» методов изменить отношение престарелого короля к реформации.
Однако кроме протестантизма и католичества на территории Польско-Литовского государства существовала еще одна, древневосточная христианская традиция — православие. Его исповедовало большинство населения Литвы. Переломив реформационное настроение в католических кругах, иезуиты перекинулись на борьбу с восточным христианством. Окрыленные легкой победой над протестантами, иезуиты желали обратить к папству не только православную Литву, но и всю Русь. Чтобы узнать настрой русских, из Литвы в Москву был послан один из членов ордена. Вот как сообщает об этом летописец: «При царе Иване Грозном приезжал в Москву хитрый иезуит Антоний. Он осыпал царя дарами и ласками, кланялся ему в ноги, задобрял речами пряничными, сладкоголосыми, говорил про папу Григория слова хвастливые, что он сопрестольник Христу и ровня Петру Апостолу, и просил разрешения соорудить в Москве латинскую церковь». Иван Грозный отвечал посланцу: «Твой папа Гришка — волк, а не пастырь». Трижды иезуит пытался поговорить с царем, но безрезультатно. Уехал он с полным убеждением, что склонить русских государей к измене православию будет очень трудно. С этого момента основные силы иезуитов сосредоточились не на непреклонной Москве, а на православных центрах Литвы — Киеве и Вильне.
Со свойственной им настойчивостью иезуиты смогли проникнуть во все ветви власти Польского государства. Они господствовали на сеймах и в сенате, став советниками самого короля. Под их влиянием король присвоил себе право избирать и назначать на церковные должности тех, кого он сам посчитает нужным. Этим он лишил православных возможности самим избирать себе не только епископов, но и настоятелей монастырей. Таким образом, монастырем, а то и епархией могли управлять лица не только не принявшие монашество, но даже не православные, добивавшиеся этих мест с одной только целью — пользоваться их доходами. За право владения выгодным монастырем или кафедрой могли вестись настоящие войны.
Вот один красноречивый пример из церковной жизни. При живом Волынском епископе король Сигизмунд пожаловал эту кафедру одновременно двум лицам — мирянину-шляхтичу и Холмскому епископу. После смерти Волынского архиерея шляхтич первым был введен королевским чиновником в управление епархией. Холмский епископ, узнав, что его опередили, вступил с претендентом в настоящую вооруженную борьбу. В бою было убито и ранено несколько сот человек. В конце концов, шляхтич сдался и ночью бежал.
Избирая лиц, заведомо недостойных или неспособных управлять Церковью, власти дискредитировали православную иерархию. В конце XVI века состояние православных еще более ухудшилось, но никто не желал вступиться за права верующих. Все церковные должности занимали те, кто был послушным орудием в руках иезуитов. Недовольство выражали только верующие миряне. Так, присутствовавшие на сейме галицкие дворяне написали нерадивому митрополиту Онисифору укор: «Великому несчастью своему приписать должны мы то, что во время Вашего пастырства все мы страшно утеснены… таких насилий, что мы претерпеваем, не делается и под погаными царями… а Ваша Милость подмогу дает и покрывает насильников тех… Жаль нам души и совести Вашей: за все ответ Господу Богу должны Вы отдать».
Из-за вмешательства государства в дела церковного управления в Православной Церкви воцарилась анархия. Равнодушие иерархии и ее зависимость от короля позволили иезуитам беспрепятственно заключить церковную унию. Безвольные православные епископы были согласны на все условия Римской Церкви. В 1596 году в Бресте состоялся собор, где приверженцы унии торжественно приняли акт соединения двух Церквей под началом римского первосвященника.
Провозглашение Брестской унии, совершенное в обстановке насилия и лжи, открыло двери правительственным гонениям. Отныне православные приравнивались к государственным преступникам. Однако, несмотря на то, что высшее духовенство перешло к Риму, на защиту православия встали миряне, объединившиеся в братства. Литовская конфедерация братств составила документ, в котором описывала состояние православного населения: «Насилия умножаются особенно со стороны духовенства и некоторых светских лиц римского исповедания… Наши церкви, монастыри, соборы разорены и опустошены… с грабежом и кровопролитием, с неслыханными ругательствами над живыми и мертвыми. Священники наши не могут крестить младенцев, исповедовать умирающих, отпевать мертвых; тела православных христиан вывозят, как падаль, в поле… закон не блюдет нас...». Но и православные братства были объявлены мятежными сходками, с которыми необходимо вести борьбу. Иезуиты праздновали победу, но такие преследования только ожесточили православных и привели к еще большему размежеванию двух христианских традиций — западной и восточной.
