Одна из наиболее героических страниц в истории смуты связана с подвигом защитников Троице-Сергиевой лавры. Еще при Василии Шуйском, видя слабость царской власти, вокруг Москвы начало собираться множество вооруженных шаек. Они состояли из русских изменников и польских интервентов. Их отряды своей жестокостью наводили ужас на местных жителей, которых заставляли присягать очередному Лжедмитрию. «Убивая и истребляя все, что попадалось на пути, они превращали в пепел все большие селения, — вспоминает один из очевидцев этих событий. — Какой значительный вред был нанесен русской земле убийствами, грабежом и пожарами выразить невозможно. Как только земля могла выдержать все это?»

  Большинство духовенства противилось новой измене, обличая разбой и призывая к верности царю. За эти смелые выступления многие священнослужители претерпели страдание и смерть. Так ярого противника измены Тверского архиепископа Феоктиста взяв в плен, долго пытали, а затем бросили на съедение хищникам. Тело его было найдено израненным и обглоданным дикими зверями. Храмы и монастыри подвергались разорению, в них затворяли скот, а в алтарях кормили псов. Но самую большую добычу разбойничьи банды рассчитывали получить в Троице Сергиевом монастыре. Эта обитель была главной опорой государственной власти. Она оказывала царю и осажденной Москве столь необходимую помощь деньгами и хлебными запасами. В тоже время монастырь представлял собой сильную крепость, важную в стратегическом отношении.

  23 сентября 1608 года отряды под предводительством польских гетманов появились под стенами обители. Общая их численность превышала 15 тысяч человек, в монастыре же укрылись менее двух с половиной тысяч. Главной военной силой монастырского гарнизона был присланный царем отряд из 500 стрельцов. Кроме них в обороне принимали участие монахи и крестьяне соседних сел. По словам очевидца: «В обители была страшная теснота. Многие люди и скотина оставались без крова… Жены рождали детей пред всеми людьми, и негде было укрыться со своей срамотой… И всякий смерти просил со слезами…» Оборону возглавил настоятель — архимандрит Иоасаф.

Поляки послали в монастырь требование сдать крепость, обещая милости и грозя в противном случае захватить монастырь силой и истребить его защитников. Отвечая им, защитники монастыря писали: «Знайте, что и десятилетний христианский отрок в обители посмеялся вашему безумству предложить нам оставить своего православного государя и покориться ложному царю, врагу и вору. Мы и за богатства всего мира не нарушим крестного целования». Получив такой ответ, поляки попытались взять монастырь штурмом, но были отбиты. Тогда началась осада. Шесть недель враги палили по обители из 63-х орудий. А в это же время вдоль монастырских стен ежедневно совершался крестный ход. Церковные службы порой прерывались залетавшими в храмы ядрами. Так в память об этом в Троицком соборе до настоящего времени сохранились железные двери с отверстием от вражеского ядра.

Неоднократно польские захватчики предпринимали штурм монастыря, но безуспешно. Особенную надежду они возлагали на подкоп, но осажденным стало известно о нем. Двое посадских крестьян пробрались внутрь подкопа и взорвали его, пожертвовав своими жизнями. После такого героического поступка осаждавшие решили взять обитель измором или при помощи измены. Несмотря на прекращение активных действий, защитников монастыря ожидали новые тяготы. Из–за тесноты, недостатка хорошей воды и свежей пищи в монастыре началось «моровое поветрие», унесшее около тысячи человек. «И умножилась смерть в людях, — повествует очевидец, — сорок дней стоял темный сумрак и злой смрад, усопших хоронили с утра до вечера сначала в могилы, а потом уже без разбору — в одну яму». К концу 16-тимесячной осады в монастыре осталось менее 200 защитников, а из числа постриженных до осады осталось в живых только шесть монахов. В конце концов, польские банды бежали, услышав о приближении главных сил русского царя. Защитники обители долгое время не верили в то, что осада закончилась. Лишь только через 8 дней в Москву с радостным известием был послан троицкий инок.

Когда в 1619 году в Москву прибыл Иерусалимский Патриарх Феофан, он посетил и Троице-Сергиев монастырь. Патриарх пожелал увидеть иноков, которые участвовали в сражениях. Ему были представлены несколько монахов и среди них «зело стар и пожелтевший в сединах инок Афанасий». Патриарх спросил его: «И ты ходил на войну и начальствовал над воинами?» Афанасий, поклонясь, ответил: «Да, Владыко Святый, понужден был слезами кровными». «А что свойственно тебе: иночество ли в молитвах или подвиг перед всеми людьми?» «Всякая вещь и дело, Владыко Святый, в свое время познается, я же что делаю и делал — исполняю послушание». Обнажив голову, Афанасий показал рану, нанесенную ему вражеским оружием, и сказал: «Вот подпись латинян на голове моей, еще же и в теле моем шесть памятей свинцовых обретаются; а сидя в келии, в молитвах, возможно ли было найти таких будильников к воздыханию и стенанию? А все это было не по нашей воле, но по воле пославших нас на службу Божию». Патриарх был поражен тем, что над воинственным одушевлением, господствует дух иноческого благочестия, смирения и простоты. Он благословил Афанасия, поцеловав его и прочих его сподвижников, и отпустил с похвальными словами.