Основанная в 1685 году, Славяно-греко-латинская академия стала первым учебным заведением в России, в которой образовательный стандарт соответствовал объему западноевропейских университетов. Идея создания в Москве высшего учебного заведения принадлежит знаменитому богослову, педагогу, поэту и переводчику Симеону Полоцкому. Цель создания Академии Симеон видел в подготовке образованных людей для государственной и церковной службы.

Основная роль в создании Академии принадлежит двум знаменитым греческим богословам братьям Иоаникию и Софронию Лихудам. Эти ученые, обладавшие энциклопедическими знаниями, приложили все силы для организации первого на Руси высшего учебного заведения. Глубокое знание и преданность своему делу, чистота православных убеждений и огромное трудолюбие двух братьев уподобляет их другим греческим учителям, святым братьям Кириллу и Мефодию.

Братья Лихуды прибыли в Москву во второй половине XVII века с рекомендательной грамотой от Восточных патриархов с целью помочь создать на Руси высшую школу. Для вновь созданной академии было построено специальное здание при монастыре Всемилостивого Спаса, известного под названием «Заиконоспасского».

Созданная академия была всесословным учебным заведением. Состав ее учащихся был пестрым. Вот как описывает его современник тех событий: «Сыновья кабального человека, солдата, конюха, купца соседствовали с детьми высших аристократических фамилий, таких как Одоевские или Голицыны». Около половины учащихся академии были детьми бедноты. Некоторые из дворян не слишком жаловали Академию из-за того, что «в оной много подлости», то есть простонародья. Многие ученики-простолюдины подрабатывали, чтобы прокормиться. Такова была участь и знаменитого выпускника академии Михаила Васильевича Ломоносова. «Мне нельзя было тратить стипендии более чем на один ломоть хлеба и кружку кваса в день, — вспоминает Михаил Васильевич, — остальное уходило на бумагу, чернила и другие нужды. Таким образом жил я пять лет, но наук не оставил».

По характеру своего образования академия была подобна западноевропейским университетам, которые выпускали не только богословов, но и специалистов для государственной службы, переводчиков, медиков, преподавателей, причем не только для России.

Весь академический курс продолжался около 15 лет. Начинался он с подготовительного класса, который назывался «школой словенского книжного писания», где обучали русской грамоте. После него ученики переходили в «школу греческого книжного писания», где изучали славянскую и греческую грамматику и латынь. Успешно окончившие этот курс приступали к высшей ступени обучения, на которой преподавание шло только на греческом языке. Здесь изучали пиитику, риторику, логику, диалектику, богословие и физику.

Лихуды сами составляли учебники по всем основным предметам, следуя образцам учебных книг европейских университетов. Так, например, в учебниках логики и физики они ориентировались на Аристотеля, который был тогда главным авторитетом в европейской науке. «Уже несколько веков, — пишет Иоанникий в предисловии к своей физике, — все почти академии и университеты избрали Аристотеля вождем и главою, поэтому и мы намерены следовать ему». Однако братья не копировали слепо западную систему. Они критически переосмысливали материал с позиций православного учения. Этим Славяно-греко-латинская академия отличалась от западных университетов: она была православной школой, ее характер определялся не западно-христианской схоластикой или умозрительным рационализмом, а учением святых отцов.

Однако ориентация на широкое гуманитарное образование вызывала подозрение у особо недоверчивых к грекам чиновников. Современник этих событий пишет: «Паки навет и вражда воста на богомудрейших и изящнейших в словесех учителей, и злоба… повеле оных основателей школьных в благоразумии же и во благонравии изряднейших и дивных мужей от школ отлучити». Братьев переводят в Новгород. Но и там Лихуды не оставляют того дела, ради которого они приехали в Россию. Они основывают в Великом Новгороде вторую высшую школу, которая впоследствии была оценена как образцовая. Выпускники Новгородской школы открывают учебные заведения в Переславле, Коломне, Туле, Орле и становятся рассадниками просвещения для многих городов России.

Основная заслуга братьев Лихудов состояла в том, что они смогли подготовить себе смену и создать систему, способную обеспечить преемственность. Академия и после них продолжала существовать и выполнять стоявшие перед ней задачи. Кроме создания высших учебных заведений братья Лихуды приняли активное участие в полемике с западными христианами, защищая основы восточного православия, а также в исправлении славянского перевода Библии. Все направления их деятельности неразрывно связаны между собой и имеют одну общую цель — защиту чистоты православия в России.

В 1755 году, через 15 лет после смерти последнего из двух братьев, было принято решение выделить богословский факультет академии в отдельное учебное заведение, а самой академии присвоить наименование Московского университета.

Академия оказала глубокое воздействие на всю духовную и культурную жизнь России того времени. Уже первые ее выпускники внесли значительный вклад в отечественное духовное просвещение. Среди них: великий ученый-энциклопедист Михаил Ломоносов, математик Леонтий Магницкий, первый русский доктор медицины Петр Постников, поэт и дипломат Антиох Кантемир, поэт Карион Истомин, архитектор Василий Баженов и многие другие.