Среди преобразований Петра I важнейшей по своим последствиям была реформа церковного управления. Первоначально Петр не собирался менять веками установленный церковный порядок. Однако чем дальше продвигался первый российский император в проведении государственной реформы, тем меньше у него оставалось желания разделять власть с иным лицом, пусть даже духовным. Первый удобный случай для начала церковных преобразований представился, когда скончался патриарх Адриан. После его смерти Петру настоятельно советовали: «Как твое самодержавие изволишь усмотрети, а об избрании патриарха, государь, стоит до времени обождать». И Петр послушался этого совета, заменив патриарха местоблюстителем.

Уже во время первого свого заграничного путешествия в 90-х годах XVII века молодой царь живо интересовался церковной жизнью в европейских государствах. Более двух часов Петр беседовал с английским королем и его дочерью на темы обустройства Англиканской Церкви. Именно тогда из уст английского монарха прозвучал совет молодому русскому царю «сделаться самому главой Русской Церкви, чтобы располагать всей полнотой государственной власти, по примеру Англии». Протестантский дух церковного устройства окончательно захватил Петра, когда он побывал на родине Мартина Лютера. Стоя перед статуей первого реформатора, Петр заявил: «Сей муж, для величайшей пользы своего государя, столь мужественно наступал на жадного до власти папу, что подлинно заслужил величайшего почтения от своего народа».

Согласно протестантскому церковному устройству все церкви, находящиеся на территории какого-либо государства, в высшем своем управлении зависят от главы этого государства. Такое устроение целиком совпадало с идеями церковного преобразования Петра. Он хотел, чтобы государь без чьих-либо нареканий смог не только вмешиваться в дела Церкви, но и управлять ею.

Однако прошло около двадцати лет, прежде чем Петр воплотил свои идеи в жизнь. Для их реализации ему необходим был единомышленник в церковной среде. И такой человек нашелся. Это был киевский архимандрит Феофан (Прокопович). Процесс рождения церковной реформы протекал в полном секрете от Церкви и ее иерархии.

Все настойчивые просьбы высшего духовенства об избрании патриарха Петр отвергал. Однажды, после очередного такого прошения, он в ярости выхватил кортик, висевший у него на поясе, и с криком: «Вот вам патриарх!» — так рубанул им по столу, что тот разлетелся в щепки. Впервые Петр упомянул о грядущей реформе лишь в 1718 году, отвечая на очередную жалобу патриаршего местоблюстителя и упрекая его в беспомощности. Царь заявил, что «впредь для лучшего мнится быть духовной коллегии, дабы удобнее было и возможно исправлять такие великие дела как церковное управление». В это же время он поручил Феофану, ставшему уже Псковским епископом, написать проект этой коллегии и слово в ее защиту.

Через некоторое время Петр посетил Александро-Невскую Лавру, где жил Феофан и, вспомнив о порученном им задании, спросил его: «Скажи-ка, скоро ли поспеет наш патриарх?» Феофан в том же шутливом тоне ответил: «Я уже дошиваю ему рясу!» На это Петр весело добавил: «А у меня и шапка для него готова!» — указав рукой на самого себя. Вскоре Феофан предоставил Петру сочинение — «Духовный регламент», где провозглашалось учреждение Духовной коллегии вместо единоличной власти патриарха. Феофан не стал скрывать причины замены патриаршества духовной коллегией. Он открыто высказал их в «Духовном регламенте»: «Дабы у простого народа не возникал соблазн видеть в патриархе некое второе лицо в государстве, почти равное первому, а то и превосходящее его…»

Этот документ был представлен Петром на обсуждение в Сенат и только затем предложен вниманию церковного Собора из оказавшихся в Петербурге шести архиереев. Под давлением светской власти они подписали документ и заверили, что все «учинено изрядно». В течение года собирались подписи тех архиереев, которые не участвовали в Деяниях Собора, а также настоятелей важнейших монастырей. Нередко при этом государственные чиновники использовали силу для получения требуемого согласия.

После учреждения Духовной коллегии встал вопрос: как совершать молитвенное возглашение нового церковного правительства? Латинское слово «коллегиум» в сочетании со «Святейшим» звучало неблагозвучно, поэтому предлагались разные варианты: «собрание», «собор». Наконец остановились на приемлемом греческом слове «синод» — Святейший Правительствующий Синод.

Чтобы соблюсти каноничность нового духовного правительства Петр обратился за благословением к Константинопольскому Патриарху Иеремии. Ответ патриарха был следующим: «Мерность наша… утверждает и закрепляет, что учрежденный благочестивейшим самодержцем Петром Алексеевичем Синод есть и называется нашим во Христе братом…». Аналогичные грамоты были получены и от других Восточных патриархов. Таким образом, Синод был признан в качестве постоянного Собора, равного по власти Патриархам, и потому носящего титул Святейшего.