В начале XVIII века Петр I провел реформу школьного образования. Одной из его главных забот было насаждение в России европейского просвещения. Он потратил много сил на организацию школ, которые готовили бы знающих людей для армии и флота, для горного дела и строительства крепостей. Однако светские училища и по числу учащихся, и по уровню образования значительно отставали от ранее устроенных духовных школ. По характеру своего образования эти школы были подобны европейским университетам — они выпускали не только богословов, но и специалистов для государственной службы, переводчиков, медиков, преподавателей. Петр попытался перестроить духовное образование, сузив его многофункциональность. Но удалось это не сразу. Еще в течение всего XVIII века роль духовного образования в развитии русской науки и культуры была велика.

Петр своим указом от 1721 года ввел обязательное духовное образование для детей духовенства. Те, кто не обучался в школах не допускались к церковным должностям, их запрещено было принимать и в «чины гражданской службы», кроме солдатского. Этот указ поддержал и Святейший Синод Русской Церкви. Согласно синодальному «Регламенту» все необученные «поповичи» исключались из духовного сословия и подлежали обязательной рекрутчине. Этим же документом каждому архиерею вменялось в обязанность открывать духовные школы у себя в епархии и содержать их на свои средства.

После издания императорского указа епархиальные школы стали быстро расти. Первые школы появляются в Петербурге и в Нижнем Новгороде. Затем в Харькове, Твери, Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, Рязани, Вологде и Пскове. В течение первых пяти лет школы были открыты почти во всех епархиях Русской Церкви. Причем в школы принимались уже грамотные мальчики, получившие начальное образование у себя дома или в цифирных школах, организованных при храмах и монастырях для детей всех сословий.

В некоторых духовных школах, где начальство не очень заботилось о быте учащихся, количество учеников было незначительным. Средства семинаристам отпускались скудно и нерегулярно, общежития были тесными и холодными, не хватало дров для их отопления. Учителям выдавались нищенские жалованья, а учащиеся добывали себе пропитание уроками, перепиской бумаг, а то и подаянием. Некоторые из них даже находились «в бегах», прячась от необустроенности и нищеты по родственникам и знакомым. Самыми же многочисленными и устроенными были новгородские школы, в которых обучалось свыше 1000 человек.

Все духовные школы представляли собой закрытые учебные заведения, подобно военным «корпусам». Для воспитанников вводились строгие правила внутреннего распорядка. Общежития при них назывались «семинариями». Впоследствии этим словом стали называть и сами духовные школы. Свидания с родными дозволялись семинаристам крайне редко. Ректор, инспектор, наставники и учителя обязаны были жить вместе с воспитанниками. Школьная дисциплина была весьма суровой. За нарушения распорядка и другие провинности секли розгами не только семинаристов, но даже их наставников.

К 30-м годам XVIII столетия в духовных школах был введен полный латинский курс по образцу Киевской академии. Школы, сумевшие внедрить такой курс, получали название семинарий, остальные стали считаться более низкими по уровню духовными училищами. Все преподавание велось на латинском языке. Учеников в процессе обучения заставляли не только писать и говорить на этом языке, но и общаться только на нем вне аудиторий. Для контроля над этим, особенно среди учеников низших классов, были изобретены длинные листы, вложенные в футляр. Так, сказавшему что-нибудь «не по-латине» давался этот лист, в который вписывалось имя провинившегося. Ученик носил этот лист до тех пор, пока сам не ловил следующего проговорившегося «не по-латине» нарушителя. Тот из учеников, у кого этот лист оставался на ночь, подвергался порке. В дисциплине школьному начальству помогали и ученики, как правило, старших классов. Они надзирали над младшими, имея особые латинские титулы. Визитаторы, например, следили за учениками, жившими за стенами школы, сеньоры и директоры контролировали порядок в общежитии, цензоры следили за поведением в храме, а авдиторы репетиторствовали со слабейшими.

На заучивание латинских слов и штудирование латинской грамматики уходило много сил. Но это имело и свои положительные стороны. Латинский язык в то время был международным языком европейской богословской и светской науки. Знание его открывало доступ к этой сокровищнице знаний и значительно расширяло кругозор учеников семинарий. Лучших учеников направляли в духовные академии, которых к концу XVIII века стало четыре — в Петербурге, Москве, Киеве и Казани.

При императрице Екатерине II было разработано новое законоположение о духовном образовании. В семинариях стали больше внимания уделять преподаванию не только латинского, но и греческого, а также новых языков. Расширился круг общеобразовательных дисциплин. В учебные планы стали включать географию, историю, физику. Семинарии постепенно стали превращаться в средне-специальные учебные заведения.