Родился будущий архимандрит в 1817 году в семье потомственного священника и был назван Андреем. Его судьба в детстве и юности была схожа с тысячами судеб детей духовенства того времени. В девять лет отец Андрея определил его в местное духовное училище, где, как он сам потом вспоминал, «вдоволь отведал розг, латыни и березовой каши». После училища Андрей поступил в духовную семинарию, где на должности ректора был его дядя — архимандрит Иона.
В семинарии раскрылись многие таланты Андрея, и особенно его склонность к греческому языку. Впоследствии, уже будучи архимандритом, он признавался: «Я часто ловлю себя на том, что невольно думаю по-гречески». Многие греки отмечали, что архимандрит Антонин знает греческий язык, как ни один природный грек. Кроме любви к греческому интересы Андрея были очень разносторонними. Так однажды ректору донесли, что его племянник завел себе трубу-телескоп и в ясные ночи тайком забирается с ней на крышу. Вызванный к ректору, Андрей отрицать ничего не стал и честно признался, что давно уже питает слабость к наблюдательной астрономии. Дядя сурово нахмурился: «Дурь это всё! — сказал он. — Ты не телесные очи в небо вперяй, а духовные... Царства Божия в стекляшки не высмотришь!» Андрей и рисовал, и играл на гуслях, и писал стихи. Впрочем, поэтичность была свойственна не только Андрею, но многим из рода Капустиных. Вот как шутливо писал об этом будущий архимандрит:
«Стихотворства злое семя
Всё капустинское племя
Заразило с давних лет...
Стихотворцем был мой дед.
На него отчасти глядя
Рифмы плел Иона-дядя...
Мучась страстию вранья
Им вослед пошел и я...»
Тот самый Капустин-дядя, ректор духовной семинарии стал и первым судиёй молодого поэта. Прочитав сборник стихов Андрея «На седмицу Страстей Христовых», ректор наложил резолюцию: «Стихи твои Христу и Спасу подобны молодому квасу». Эта «страсть к стихотворству», так шутя называл свое увлечение сам архимандрит, не покидала его до самой смерти. Однако не только стихотворство было свойственно всем Капустиным. Например, уже будучи архимандритом, отец Антонин все свои письма запечатывал особой печаткой, на которой имелось изображение капустного кочана и надпись-девиз: «Не вкусен, да здоров». Их добрый юмор не только к своим недостаткам, но и достижениям располагали к себе, а теплое и внимательное отношение к немощам других — вызывали чувство благодарности. Во многом эти качества стали залогом успешного, но непростого служения будущего архимандрита вдали от родины.
Закончив семинарский курс, Андрей Капустин поступил в Киевскую духовную академию. После окончания остался преподавать в ней. В ней же постригся в монашество с именем Антонин. «Моя жизнь, — сообщал он близкому другу вскоре после пострига, — несколько изменилась, хотя, к сожалению, не радикально... Живу, как и прочие наши иеромонахи: пью, ем, сплю, иногда молюсь, часто читаю, еще чаще пишу и всегда грешу...»
По-настоящему радикально жизнь его изменилась в 1850 году, когда он был назначен на должность настоятеля русской посольской церкви в Афинах. Уже в самом начале своего пребывания в Греции молодой иеромонах Антонин писал в своем дневнике: «Не могу устоять против влекущей силы древности. Встречаясь с нею где бы то ни было, я точно вижу колыбель свою... Я вдруг осознал, что прежние тридцать лет моего ученичества и учительства, семинарских розог и академических штудий были лишь предуготовлением к тому главному, которое непременно должно состояться где-то здесь, на Востоке, на землях когда-то единой православной Вселенной...» Прошло десять лет, и не ведомый никому «ученый монах» сделался среди русских и греческих византологов личностью известной и уважаемой. Четыре научных общества почли за честь избрать его своим действительным членом, его книга о древних афинских надписях произвела в научных кругах России и Европы подлинную сенсацию, его статьи переводились на многие языки. И до сих пор труды его являются ценнейшим источником сведений по археологии и истории.
Уже архимандритом отца Антонина переводят сначала в Константинополь в посольскую церковь, а затем назначают временно заведующим Русской духовной миссией в Иерусалиме. В то время Миссия терпела множество нестроений. Руководство над ней было яблоком раздора между Синодом, Министерством иностранных дел, Русским палестинским комитетом и Иерусалимской патриархией. Не знал отец Антонин, что его «временное» назначение затянется почти на 30 лет и станет последним и главным делом его жизни. Благодаря замечательным качествам своего характера, обаянию и уму он не стал очередной жертвой интриг, а сумел примирить и расположить к себе все противоборствующие стороны. Не обошлось и без завистников, которые обвиняли архимандрита во многих грехах, писали кляузы, памфлеты и даже романы про начальника Миссии. Однако природный капустинский юмор не давал унывать отцу Антонину и помогал направлять свою деятельность на то, что могло бы действительно принести пользу Церкви, Отечеству и исторической науке.
Его имя неразрывно связано с русскими землями в Палестине, с археологическими раскопками, на них проведенными, с прекрасными храмами, подворьями, школами и приютами, построенными на этих землях. Самой первой покупкой отца Антонина стал участок со знаменитым Мамврийским дубом возле которого праотец Авраам принимал Бога в образе трех странников. Именно этот дуб стал непременной частью всех Троических икон. А затем приобретениями стали и вершина Елеонской горы, место вознесения Спасителя, и участок земли евангельской «Горней», где произошла встреча Пресвятой Богородицы с праведной Елисаветой, и участок в Яффе, который получил название «Золотой жемчужины Миссии» за красоту садов, и имения под Вифлеемом, в Тивериаде, на Иордане, в Силоаме, в Назарете, в Кане Галилейской... Около 40 участков общей площадью 50 гектар и стоимостью до миллиона рублей золотом. «Я, — писал архимандрит, — ограничился одним, чисто паломническим значением своей Миссии и нашел способ путем территориальных приобретений поставить ее крепче.., чем когда бы то ни было в другое время».
Именно ему мы обязаны и тем, что сегодня имеем возможность видеть и «судные врата», через которые проходил Спаситель, когда Его вели на Голгофу, и многочисленные базилики времен императора Константина. Его сочинения, регулярно выходившие в российской печати, монографии, дневники, его библиотека и музей говорят о неординарном человеке, достойном представителе русского богословия и русской науки.
Архимандрит Антонин (Капустин) скончался в 1894 году. Его похоронили «в самой близости к небу» — на Елеонской горе. Более 40 лет он прожил вне пределов России, но все его труды были направлены к прославлению своей родины. Перед смертью он завещал: «Все приобретенные на мое имя земельные участки в Палестине... оставляю в собственность Синода, если же таковой перестанет существовать, то земли эти делаются достоянием всех православных русских людей».
