В начале XVII века православным христианам приходилось испытывать притеснения не только в Польско-Литовском государстве. Весь православный Восток был покорен турецкими завоевателями, которые исповедовали ислам.
Первое время после покорения Византии турки были более благосклонны к христианскому населению, боясь восстания греков. В середине XV века султан разрешил избрать православного патриарха, понимая, что с помощью него можно сохранить контроль над покоренными народами и возродить опустошенную империю. Турецкое правительство не различало своих христианских подданных по национальностям. Для него все христиане, исповедующие одну веру, составляли и одну нацию. Главой этой нации был поставлен Константинопольский патриарх. Султан признал за патриархом не только духовную власть, но и гражданскую, подчинив ему всех христиан Турецкой империи. Таким образом, формально права и власть патриарха при турецком владычестве еще более увеличились. Однако фактически патриарх не имел возможности пользоваться своими правами из-за деспотизма турецкого правительства.
Уже последующие султаны смотрели на христиан с крайним презрением и стремились насильно обратить их в мусульманство, видя в этом богоугодное дело. Тех же, кто отказывался принять ислам, обращали в рабство, предавали пыткам или казнили. Была распространена подать на христианских детей: отбирались красивые и здоровые дети, которых воспитывали в мусульманстве. Православные церкви превращались в мечети, уничтожались богослужебные книги. Правительством была установлена специальная плата за каждое посещение православного храма. Некоторые султаны желали войти в историю с именем «разрушителя веры христиан», стремясь полностью истребить всех православных в империи. За ними не отставали и их подданные. Так, например, в 1570 году в Иерусалим прибыл новый посол султана. Он велел, чтобы каждый из христиан засвидетельствовал ему свое почтение. Множество монахов лавры Саввы Освященного пришли к нему с подарками. Приняв подарки и удивившись такому большому количеству монахов, посол велел тут же на его глазах умертвить половину из них: «Нельзя допустить такое множество людей в одном монастыре», — сказал он. И султан одобрил его распоряжение.
Общий гнет заставлял слабых людей обращаться в мусульманство. Христианин освобождался даже от смертной казни, если он изъявлял желание принять ислам. Но многие христиане претерпевали и гонения, и мучения, оставаясь непоколебимыми в вере. Даже дети ради веры претерпевали мучения и смерть. Так в XVII веке один христианский мальчик Николай был отдан родителями для обучения турецкой грамоте. Учитель-турок, восхищаясь прекрасными способностями ученика, всячески старался обратить его в мусульманство, но безуспешно. Тогда он оклеветал Николая в богохульстве. Отрока заключили в тюрьму, подвергли пыткам и, наконец, отрубили голову. За свою твердость в православии была замучена отроковица Акилина, которую хотел обратить в мусульманство ее отец. Он во время ссоры убил турка и из-за страха казни принял ислам. Желая отвратить от христианства и свою дочь, он подверг ее жестоким истязаниям, от которых она умерла. В числе прославленных Церковью мучеников есть и Павел Русский, живший пленником в Константинополе и отказавшийся поменять веру.
Турки поощряли интриги и борьбу за патриарший престол, которую порой вели греки. Султан ввел особую плату за выборы и утверждение патриарха. Но кроме султана новые патриархи, чтобы утвердится во власти, должны были платить еще великому визирю, придворным, чиновникам, евнухам и женам султана. При такой системе патриаршую кафедру часто занимали люди недостойные или неспособные к управлению Церковью, которые заботились только об удовлетворении своего честолюбия. Это приводило к презрительному и деспотичному обращению турок с патриархами. Низложения, ссылки и убийства иерархов были частыми явлениями в XVII веке. За 80 лет на патриаршем престоле сменилось 50 патриархов. Некоторые из них по два, три и даже пять раз возводились и свергались с престола. Редким явлением была смерть правящего патриарха. Большинство из них умирало в заточении, либо было задушено. Сама патриаршая должность постепенно стала чиновничьей. На нее назначали и увольняли даже не султаны, а их советники — визири.
От непомерных поборов патриархия все более беднела. Патриархам приходилось все чаще просить помощи, а иногда и самим ездить за милостыней к более богатому православному соседу — России. Множество грамот, посланий и писем сохранилось в Российских архивах, которые показывают, какую огромную помощь в то время оказывала Россия своим единоверцам. С самого начала захвата турками Константинополя Россия начала помогать попавшим в зависимость от мусульман восточным христианам. Однако пожертвования и милости со стороны России увеличивались по мере увеличения притеснений православных греков турками. После ряда ограблений Константинопольской Церкви в конце XVI века, она бы «окончательно разорилась, если бы не щедрость русского царя», — писал патриарх Иеремия II. Начиная с конца XVI века за 50 лет в России побывало десять восточных патриархов, каждый из которых уезжал от русского царя утешенным и с богатыми дарами. При царском дворе постоянно жили, меняя друг друга, просители от восточных патриархов, различных епархий, монастырей и даже простые миряне. Сокровищница русского царя была неистощима для милостыни. Весь Восток понимал это и спешил воспользоваться ею. Можно без преувеличения сказать, что Православные Восточные Церкви поддерживали свое существование единственно благодаря пожертвованиям русских царей и иерархов. С разрешения русского правительства восточные иноки основывали в России свои монастыри, подворья и часовни, приобретая для них земли, дома и лавки. Доходы от всего этого посылались на Восток. На русские деньги патриархи строили новые церкви, монастыри, открывали училища, устраивали больницы и выкупали христиан из рабства. При таких постоянных заботах со стороны России бедственная участь восточных христиан значительно облегчалась, о чем они и сами свидетельствовали.
