Управление первыми патриархами Православной Церковью в Российском государстве пришлось на смутное время. Эти обстоятельства заставили Московских первосвятителей встать на защиту интересов русского народа, сыграв в политической жизни России ведущую роль.

Первый Московский патриарх Иов был родом из Тверской земли. С юности он принял постриг в Старицком монастыре, пройдя все ступени монашеского искуса от простого послушника до настоятеля обители. Иов отличался благообразной внешностью, красивым голосом и необыкновенной памятью. По свидетельству биографа, «Иов наизусть знал все богослужебные тексты, а его чтение умиляло и услаждало слышащих». Как-то проезжая через тверские земли, Старицкого игумена заметил Иван Грозный, любивший церковное благолепие и чинные богослужения. Он перевел его в Москву, сделав настоятелем одного из столичных монастырей, а затем и епископом. Переехав в столицу, Иов не изменил своим монашеским привычкам. Отличаясь беззлобием и нестяжательностью, он на всю жизнь остался человеком глубокой молитвы и сугубого воздержания.

В первые годы после избрания на первосвятительскую кафедру, Иов стал активно обустраивать Русскую Церковь в ее новом, теперь уже патриаршем статусе. Однако его церковная деятельность скоро была прервана государственной смутой, которой предшествовало народное бедствие. После ряда неурожайных лет в России свирепствовал страшный голод, уносивший тысячи жизней. По всей стране множились грабежи, разбои и болезни. Страна погружалась в хаос. И в этом хаосе появился самозванец. Он объявил себя сыном Ивана Грозного — царевичем Дмитрием, чудом спасшимся в 1591 году от рук убийц.

Появление Лжедмитрия могло обернуться для русских не только потерей государственности, но и разрушением Православной Церкви. Так одной из главнейших целей в политике самозванца было присоединить русский народ к Римской Церкви через унию. Об этом он письменно засвидетельствовал папе Римскому, за что получил его моральную и финансовую поддержку.

Патриарх Иов старался употребить со своей стороны все меры, чтобы поддержать законную власть и защитить государственный порядок. В устных проповедях и особых посланиях он многократно заверял народ в реальности смерти царевича Дмитрия и всячески обличал самозванца. Он указывал на то, что польский король Сигизмунд использует Лжедмитрия для попрания православной веры и обращения Руси в католичество. После внезапной смерти царя Бориса Иов так же ревностно стал защищать права на русское царство его сына Феодора. Поражают стойкость и мужество первого русского патриарха. Он смело восстал, казалось, один против всех.

Однако в 1605 году приверженцы самозванца убили Феодора и завладели Москвой. После этого они в первую очередь свергли патриарха. «Множество народа, — как свидетельствует сам Иов, — с камнями и палками ворвались в Успенский собор. Войдя в святой алтарь во время литургии, они сорвали с меня святительскую одежду… В ветхом рубище они таскали меня по площадям и позорищам, избивали так, что я был готов умереть». Но его оставили в живых. Патриарший двор был разграблен. Иова всенародно прокляли и сослали в изгнание. Лишь не многие сочувствовали первому патриарху. Многие бояре, архиереи и даже родная мать царевича инокиня Марфа из страха перед самозванцем признали в нем Дмитрия и присягнули ему.

Однако неправославность нового царя была видна с первых же его шагов по московской земле. Во время торжественного входа в покоренную Москву, заглушая звон колоколов и молебное пение, гремел военный оркестр литовских музыкантов. По воспоминаниям современника, «сойдя с коня, самозванец крайне небрежно приложился к Владимирской иконе Божией Матери, а за ним, к ужасу москвичей, невеста самозванца и ее фрейлены прикладывались к иконе Богоматери, целуя ее в уста!» Лжедмитрий позволял полякам входить в церкви с оружием, никогда не молился перед едой и не соблюдал постов, редко бывал на богослужениях и никогда не причащался Святых Таин, даже в такой торжественный день, как венчание на царство.

Однако миф о чудом спасшемся царевиче Дмитрии как о законном русском государе был очень силен. Целый год потребовался русским людям, чтобы окончательно убедится в правоте изгнанного патриарха Иова и поднять восстание. Лжедмитрий был убит. Его голый труп несколько дней таскали по всему городу на издевательство толпе, а затем сожгли. Смешав пепел с порохом, восставшие выстрелили им из пушки в ту сторону, откуда пришел Лжедмитрий.

Вновь избранный народом царь Василий и собор русских епископов немедленно послали к сосланному Иову с просьбой вернуться на патриаршество. Однако тот по болезни и старости отказался, указав на кандидатуру митрополита Казанского Ермогена, одного из немногих, кто не принял самозванца. Но Иову все же пришлось нарушить свое уединение и приехать в столицу. Его вызвали царской грамотой «для великого государева и земского дела». Здесь в Кремлевском Успенском соборе при большом стечении народа было принесено перед ним всенародное покаяние. Иов стоял рядом с вновь избранным патриархом в простой иноческой одежде. Искреннее смирение этого отшельника-патриарха, вызванного почти из гроба примирить Россию с Богом, еще более возвышали его в глазах окружающих и вызывали покаянные чувства. В глубокой тишине была прочитана покаянная грамота от имени русского народа первому российскому патриарху. Выслушав слова покаяния и прослезившись, Иов призвал на всех Божие милосердие и прочитал разрешительную молитву. Старец вернулся из Москвы в свое уединение, где и скончался в 1607 году.