С конца 50-х годов XIX века Россия вступила в эпоху «великих реформ». Это было время новых чаяний, прогрессивных преобразований и всеобщего воодушевления в российском обществе. Наблюдался подъем и в церковной жизни. В это время Святейшим Синодом Русской Церкви было открыто несколько миссий для проповеди православия за пределами России. Многие студенты духовных школ мечтали посвятить себя миссионерству. Так, в Петербургской духовной академии лишь только объявили о поиске кандидатуры на место настоятеля консульской церкви в Японии, сразу нашлась масса желающих. Среди них был и Иван Касаткин, сын сельского дьякона из Смоленской губернии. Именно ему выпала честь быть назначенным на эту должность. Как вспоминал потом его однокурсник по академии, «все мы, двенадцать человек из выпускного курса охотники до миссионерства, записались при условии женитьбы, а Ваня Касаткин один — монахом, и перебил всех!» К тому времени Ивану шел 24-й год. За его плечами уже были Бельское духовное училище, Смоленская семинария и три курса столичной академии, в которой Иван был одним из лучших студентов.

Перед отъездом в Японию в 1860 году Иван был пострижен в монахи с именем Николай и рукоположен в сан священника. Только через год после этого, проехав через всю Россию, молодой иеромонах Николай добрался до места своего назначения. Но сразу приступить к проповеди Евангелия было невозможно. Закон о запрещении чужых религий, действовавший в Японии уже более двухсот лет, был крайне строг, неповиновение ему каралось смертью. Поэтому на первых порах деятельность молодого миссионера ограничилась церковными службами для консульских служащих и моряков российского флота. Николай верил, что Бог даст ему возможность миссии, и тщательно готовился к этому. «Я старался сначала со всею скрупулезностью изучить японскую историю, — пишет святитель, — религию и дух японского народа, чтобы узнать, в какой мере осуществимы надежды на просвещение страны евангельской проповедью...». И первым обращенным им к христианству японцем оказался потенциальный убийца.

Часто посещая дом русского консула, отец Николай не раз сталкивался в коридорах с суровым и надменным японцем, который преподавал сыну консула искусство фехтования. Это был Савабэ — жрец синтоистского храма, самурай, знаменитый мастер боя на мечах. Он состоял в тайной организации, ставившей целью истребить в Японии всех иноземцев. Однажды самурай не смог сдержать своего гнева и заявил при встрече священнику: «Вас, иностранцев, нужно всех перебить… Ты же со своей проповедью более всех вредишь Японии». Николай на гневную тираду японца спокойно ответил: «А разве справедливо хулить то, чего не знаешь? Выслушай сначала меня, а потом и суди. Если мое учение будет худо, тогда я и сам уйду». Самурай нехотя, но согласился слушать. Сначала он прерывал миссионера, злословил и смеялся, но постепенно начал все глубже задумываться, а потом и сам попросил о новой встрече для продолжения беседы. После нескольких таких бесед перед изумленным японцем открылась истина христианства. Об этом первом своем ученике отец Николай писал: «Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет от смертной казни за принятие христианства, то от него можно ждать многого...». И надежды Николая оправдались. Самурай крестился. За это он подвергся преследованиям: дом его был сожжен, самого бросили в подземную тюрьму. Но, выдержав все испытания, он не ослабел в вере и впоследствии стал первым православным священником-японцем.

В 1904 году святителю Николаю предстояло пережить тяжкое испытание — русско­японскую войну. Оставшись в Японии один, Николай разослал по всем храмам официальные послания, в которых отмечал, что «патриотизм есть естественное и верное чувство каждого христианина» и предписывал «молиться о победе японских войск». Этим он сохранил Японскую Церковь невредимой от гонений властей. Сам же святитель в это время не участвовал в общественных богослужениях.

После отмены закона о противостоянии чужым религиям в Японии была учреждена Русская духовная миссия во главе с отцом Николаем, который вскоре начал строительство кафедрального собора в Токио. Удачно расположенный православный собор стал одним из самых высоких зданий в столице. На его освящении присутствовало уже 19 японских священников и более 4-х тысяч христиан. Такой успех миссии Николая Касаткина объясняется тем, что Японская Православная Церковь с самого начала имела национальные черты. Миссионер бережно относился ко всем проявлениям японской культуры. Например, в православных храмах Японии, по местному обычаю, ходили босиком, проповеди слушали сидя на полу. «Вначале завоевать любовь, а потом нести слово», — это было руководящим правилом всей деятельности апостола Японии. И чуткие японцы отвечали Николаю взаимностью. «Все глубоко уважают его и питают к нему искреннюю любовь и преданность, — писал впоследствии один из его воспитанников, — не только христиане, но и люди других религий». Так однажды святитель зашел, чтобы послушать проповедь в буддийский храм. Храм был переполнен. И тогда настоятель подвел его к жертвеннику, снял с него дорогие украшения и любезно предложил сесть, к великому удивлению растерявшегося миссионера.

В основанной Николаем Токийской духовной семинарии в первые пять из семи лет обучения, давалось образование подобное университетскому. Уровень преподавания был настолько высок, что даже высокопоставленные японские чиновники отправляли туда своих детей. Из числа воспитанников семинарии вышли многие японские государственные деятели и видные ученые, так как поступать в семинарию и учиться на низших курсах, где еще не преподавали богословские науки, могли не только христиане.