Будущий митрополит родился в 1846 году в бедной семье приходского священника Тамбовской губернии. Александру, так назвали мальчика в крещении, легко давалось учение. После блестящего окончания Духовного училища, а затем и семинарии, он был принят в Казанскую духовную академию на казенный счет. По воспоминаниям друзей, именно в Академии он «обрел на всю жизнь особую любовь к Христовой Церкви и людям, пронизанную пламенной верой, которая и определила весь строй личности Александра».

Окончив в 1870 году Академию, Вадковский остался в ней в качестве преподавателя. Он женился. У него родились двое детей. Да и академическая карьера Александра складывалась весьма неплохо. Он защитил диссертацию, стал экстраординарным профессором, что соответствовало чину статского советника, возглавил солидный научный журнал «Православный собеседник». За всем этим стоял определенный общественный статус и материальное обеспечение. Однако вскоре на Александра обрушились несчастья. Через семь лет после счастливого брака умирает его жена, а еще через два года — оба ребенка. Спустя много лет друг митрополита Антония вспоминал, что «молодой и успешный ученый, которому едва исполнилось 36 лет, выдержал страшную катастрофу только благодаря вере…» Александр мог женится и второй раз, но в своей беде он сумел различить голос Божий. Вадковский решает всецело посвятить себя церковному служению и подает прошение о монашестве. Его постриг с именем Антоний был воспринят всей академической профессурой как умопомешательство своего коллеги. Ведь в то время в Казанской духовной академии монахом был только ректор.

Уже через год после пострига Антония переводят в столицу и назначают на должность инспектора Петербургских духовных школ. А еще через год его рукополагают во епископа и назначают ректором столичной Академии. Владыка Антоний был не только блестящим педагогом, но и человеком редкой отзывчивости, благородства и такта. Он пользовался всеобщей любовью студентов, и влияние его на них было громадным. В Петербургской духовной академии он создал кружок студентов-проповедников, отправлявшихся «в народ». Члены кружка вели популярные богословские беседы в приходских церквах, общественных собраниях, приютах, ночлежках и тюрьмах.

В 1898 году владыка Антоний был назначен на Санкт-Петербургскую митрополичью кафедру. Оказавшись первенствующим иерархом Русской Церкви, митрополит Антоний изменил сам стиль традиционного управления епархией. Повсюду чувствовался присущий ему аскетизм: он отменил торжественные трапезы и парадный архиерейский выезд, восстановил традицию посещения заключенных в тюрьмах. Размеры его благотворительности были колоссальными. Все свое жалование он отдавал нуждающимся. Размеры состояния, оставленные первенствующим митрополитом после смерти, поражают — семь рублей медью. Он был открыт и доступен всем — от маститого иерарха до простого прихожанина. Во всех жизненных ситуациях владыка оставался прежде всего человеком, а уже потом — профессором, величественным иерархом, государственным мужем. Он ценил человеческое общение, старых друзей; умел завязывать новые знакомства, не обусловленные его церковно-политическим положением.

И в тоже время его мягкость, открытость и деликатность не мешали ему быть принципиальным в вопросах веры и Церкви. Деятельность владыки Антония можно назвать реформаторской. Однако вся его реформа была строго продумана и опиралась на серьезное каноническое и церковно-научное основание. Он стремился восстановить традиционное и наиболее правильное управление Русской Церковью —патриаршество. Митрополиту Антонию удалось убедить императора в необходимости созыва Собора и с 1905 года открылось Предсоборное присутствие. Его целью было подготовить Собор Русской Церкви, который не собирался уже более двухсот лет. Вся дальнейшая деятельность митрополита Антония после была, в основном, сосредоточена на предсоборной работе. Однако уже через два года начался «обратный ход» светских властей. Вся работа митрополита Антония была искусственно прервана. От этого удара митрополит Антоний оправиться уже не смог. Он тяжело заболел. Болезнь прогрессировала несколько лет. И в 1912 году митрополита Антония не стало. Согласно завещанию, владыку Антония похоронили в братской могиле Александро-Невской Лавры под простым деревянным крестом.

Его уход из церковной жизни стал большой потерей для Русской Церкви. Личность митрополита Антония была настолько авторитетна, что в годы общероссийских преобразований и нестроений ему удавалось объединять церковную иерархию, в особенности, в вопросах церковных преобразований. Он умел доказать необходимость преобразований. Он мог усмирять пыл особо рьяных реформаторов. И, пока он был жив, серьезных конфликтов среди иерархии не было.

Владыка Антоний умер за пять лет до открытия Собора. В деле церковных реформ он зачастую был одинок. Но все его служение зиждется на беспредельной любви к Христу и Его Церкви. Именно поэтому, несмотря на очевидно драматические ноты в жизни митрополита Антония, звучит и голос надежды. В одном из его последних писем есть такие слова: «Бог создал человека для радости. Христианский взгляд на жизнь светлый, чистый, радостный. Бог благословил людей любить друг друга. Он Сам Себя назвал Любовью. Но все, что от Бога, в Боге и для Бога, не есть земное греховное, а есть небесное, Божие, святое».